Về sự tích của thiền sư Từ Đạo Hạnh thời Lý câu đối ở nội điện chùa Thầy (Sài Sơn) khái quát như sau:
弌杖顯神機卓錫圓成柴石峒
再生承帝統鴻圖葉繫李蓮花
Nhất trượng hiển thần cơ, trác tích viên thành Sài thạch động
Tái sinh thừa đế thống, hồng đồ diệp hệ Lý liên hoa.
Dịch:
Một gậy tỏ phép thần, chót vót thành toàn Sài động đá
Tái sinh nối dòng đế, mênh mông tiếp dõi Lý hoa sen.
Câu đối nói tới việc Từ Đạo Hành tu hành đắc đạo ở núi Sài, dùng tích trượng đánh chết kẻ thù là Đại Điên, trả thù cho cha, sau đó đầu thai thành con của Sùng Hiền Hầu, nối dõi cho nhà Lý, tức là vua Lý Thần Tông. Nội điện (chùa Thượng) của chùa Thầy thờ Từ Đạo Hạnh ở cả 3 ngôi: thánh, phật và đế.

Nội điện chùa Thầy.

Truyện Từ Đạo Hạnh và Nguyễn Minh Không trong Lĩnh Nam chích quái chép:
Xưa ở làng Đàm Xá, huyện Đại Hoàng (còn có tên là Gia Viễn) đất Trường An có người tên là Nguyễn Chí Thành ở chùa Quốc Thanh, hiệu là Minh Không quốc sư, lúc ít tuổi đi du học, gặp Đạo Hạnh, học được đạo giáo, trải hơn mười năm. Đạo Hạnh thấy người tiết tháo bèn truyền tâm ấn, lại đặt tên cho.
Theo truyện này thì thiền sư Nguyễn Minh Không là học trò của Từ Đạo Hạnh, là người sau này đã giải kiếp nạn hóa hổ cho vua Lý Thần Tông. Điều này được xác nhận hơn qua phát hiện Nguyễn Minh Không là vị pháp sư đã diệt thần hổ Xương Cuồng cùng đoạn tạp kỹ diễn các trò nhảy, lăn, phi, vỗ tay, hò hét…  Các thánh tượng (tượng đầu gỗ) trong trò rối Ổi Lỗi là dấu tích của sự kiện này. Từ Đạo Hạnh được coi là tổ của nghề múa rối, tức là “pháp thuật” biểu diễn mà Nguyễn Minh Không đã dùng diệt thần hổ Xương Cuồng là được truyền từ Từ Đạo Hạnh.
Truyện Dương Không Lộ và Nguyễn Giác Hải của trong Lĩnh Nam chích quái lại kể, có hai vị thiền sư là người huyện Hải Thanh, đánh cá trên sông rồi cùng tu với nhau là Dương Không Lộ và Nguyễn Giác Hải. Sư Giác Hải đã có dịp vào kinh và cùng Thông Huyền đọc thần chú diệt trừ đôi tắc kè trong cung, được vua Lý Nhân Tông làm bài thơ khen tặng:
Giác Hải tâm như hải
Thông Huyền đạo diệc huyền
Thần thông kiêm biến hoá
Nhất Phật, nhất thần tiên.
Trong khi đó ở chùa Thầy có tượng thờ Nguyễn Minh Không và Giác Hải với sự tích rằng đây là những người đã cùng đi học Phật với Từ Đạo Hạnh. Câu đối ở chùa Thầy (Sài Sơn):
覺海心如海赫赫英靈真妙法
通玄道亦玄洋洋顯跡到今傳
Giác Hải tâm như hải, hách hách anh linh chân diệu pháp
Thông Huyền đạo diệc huyền, dương dương hiển tích đáo kim truyền.
Dịch:
Giác Hải lòng như biển, rõ rệt anh linh thực phép lạ
Thông Huyền đạo càng tuyệt, mênh mông dấu tỏ tới nay truyền.
Như vậy trong chuyện này có tới 5 vị thiền sư: Từ Đạo Hạnh, Dương Không Lộ, Nguyễn Giác Hải, Nguyễn Minh Không và Thông Huyền. Mối quan hệ giữa các vị thiền sư đời Lý này với nhau rất chồng chéo, khó sắp xếp cho hợp lý.

Ban thờ Lý Thần Tông ở chùa Thầy.

Về pháp sư Thông Huyền thì trong Sự tích đức thánh tổ cụ Đặng Xuân Bảng ở làng Hành Thiện (Nam Định) cho biết: Thông Huyền là biệt hiệu của Đức Thánh Tổ (Dương Không Lộ hoặc Nguyễn Minh Không – thánh tổ thờ ở làng Hành Thiện).
Để phân định vai trò và nhân vật giữa các vị thiền sư này, cần nhắc lại rằng cái tên gọi Không Lộ vốn không phải là tên của 1 người, mà là của một giáo phái gồm các pháp sư thời Lý. Không Lộ cũng là tên để gọi giáo chủ của giáo phái đó. Vì thế có ít nhất 2 người đã đảm đương chức giáo chủ Không Lộ này ở 2 thời gian khác nhau. Một là Dương Không Lộ người Hải Thanh (Thái Bình). Hai là Nguyễn Minh Không người Đàm Xá ở Hoa Lư.
Theo tượng thờ ở chùa Thầy (Sài Sơn) thì Từ Đạo Hạnh, Nguyễn Minh Không (ở đền Lại Trì – Thái Bình chép là Dương Không Lộ) và Giác Hải thiền sư cùng nhau đi tìm học Phật và đắc đạo. Điều này có thể hiểu nghĩa là ba người này đã cùng sáng lập ra giáo phái pháp sư Không Lộ. Thử  sắp xếp thứ tự các vị giáo chủ phái Không Lộ thời Lý như sau:
– Vị giáo chủ đầu tiên của giáo phái là Dương Không Lộ, người Hải Thanh, còn có biệt hiệu là Thông Huyền.
– Giác Hải thiền sư có vẻ không từng đảm đương chức vụ giáo chủ, nhưng ông là một trong những người đồng sáng lập giáo phái cùng với Dương Không Lộ ở miền Hải Thanh.
– Từ Đạo Hạnh tương tự, có vai trò sáng lập nhưng không từng làm giáo chủ, vì như đã biết, ông quay về kinh đô để trả thù cho cha và giúp nhà Lý có con nối dõi.
– Vị giáo chủ tiếp theo sau Dương Không Lộ là Nguyễn Minh Không, người quê Ninh Bình, là người đã chữa bệnh cho hậu thân của Từ Đạo Hạnh (vua Lý Thần Tông) hóa hổ.
3 người đi Tây Trúc học Phật có lẽ là 3 vị đầu: Từ Đạo Hạnh, Dương Không Lộ và Giác Hải. Còn Nguyễn Minh Không thuộc thế hệ sau, được truyền pháp từ Từ Đạo Hạnh hoặc từ Dương Không Lộ.

Cầu Nhật Tiên và đền Tam phủ trong quần thể di tích chùa Thầy ở Sài Sơn.

Một điều chú ý thêm là giáo phái này có thể đã lấy Tam phủ làm thần điện để tu và thờ cúng. Ở chùa Thầy tại Sài Sơn, là nơi tu hành và hóa của Từ Đạo Hạnh, có đền Tam phủ ở ngay trước chùa (ngoài hòn đảo trên hồ, đi qua cầu Nhật Tiên). Đền này thờ đúng 3 vị là Ngọc Hoàng, Diêm Vương và Long Vương.
Tương tự, ở Bắc Ninh (Cao Đức, Gia Bình) có đền Tam phủ hay gọi là đền Ba Vua thờ các vua Thiên phủ, Địa phủ và Thủy phủ. Đền này cũng thờ cả Dương Không Lộ vì nơi đây gần chùa Phả Lại (Quế Võ, Bắc Ninh), là nơi do Không Lộ thiền sư từng trụ trì và tu hành.
Ở làng Hành Thiện (Nam Định), nơi từng là “trụ sở” của phái Không Lộ (chùa Keo) cũng có miếu Tam phủ. Theo cụ Đặng Xuân Bảng thì miếu này thờ 3 vị Thiên phủ Chủ thiên Thánh đế, Địa phủ Diêm la Thánh đế và Thủy phủ Bát hải Long vương.

Chính điện Tam phủ linh từ ở Lục Đầu.

Như vậy, ở thời Lý, Tam phủ nguyên gốc chưa hề có các vị mẫu thẫn. Điều này khá rõ ràng vì lúc đó thánh mẫu Liễu Hạnh còn chưa xuất thế. Tam phủ nguyên gốc là hình thức thần điện của các pháp sư (đạo sĩ) từ thời Lý thờ đại diện của Tam tài: Thiên – Địa – Nhân, trong đó Thủy phủ đại diện cho nhân sinh.